El reinado de Felipe II coincide con el asentamiento del calvinismo, credo instigador de las grandes luchas políticas de Francia, Holanda, Alemania e Inglaterra. Su creador, el francés Juan Calvino, formó parte de la segunda generación de reformadores.
Inspirado en las tesis luteranas, el calvinismo desarrolla la doctrina de la predestinación; la convicción de ser elegido por Dios.
Frente al Absolutismo monárquico, los calvinistas opusieron su convicción del pueblo escogido. Agresivos e intransigentes con cualquier mediación entre Dios y el hombre, ya fuera la Iglesia
o el príncipe, fueron perseguidos tanto por católicos como por luteranos. Su sistema social basado en la elección pública y, por tanto, en la igualdad, conducía a la disolución del poder real.
En una Europa en la que el Absolutismo imperaba como modelo de Estado y cuya legitimidad era religiosa la idea de un concepto liberal y democrático suponía un gran rechazo. Y mas si este, la religión, es el elemento cohesionador que utilizan estas monarquías para unir sus pueblos con culturas diferentes que solo comparten sus creencias religiosas.
El calvinismo alimentó también los deseos de independencia de las Provincias Unidas del Norte de los Paises Bajos: Holanda, Zelanda, Frisia, Groninga, Utrecht y Güeldres.
Cuando en 1566 estalaron las insurrecciones calvinistas, la represión, encargada al duque de Alba, se aplicó sin contemplaciones ni miramientos. El ajusticiamiento de dos líderes católicos como los condes de Egmont y Horn, antiguos jefes del ejército imperial, contrarios a la arbitrariedad de los sumarísimos Tribunales de Tumultos tuvo efectos opuestos a los deseados.
Considerados mártires de la independencia nacional, su muerte convirtió la sublevación en guerra abierta, dirigida por Guillermo de Nassau, el Taciturno, enemigo del Rey Prudente.
La expoliación fiscal, el desprecio por las instituciones locales y los desmanes de las tropas españolas en Amberes preciitaron, la unión temporal de católicos del sur y calvinistas del norte contra Felipe II.
Sólo la pericia diplomática del virrey Alejandro Farnesio logró retener a la Flandes católica bajo la autoridad española, mientras que las Provincias del Norte conseguían su segregación gracias al respaldo de Inglaterra y príncipes protestantes alemanes.